กองการปกครอง วิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า เป็นหน่วยขึ้นตรงของวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า จัดตั้งขึ้นพร้อมกับวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า มีหน้าที่รับผิดชอบด้านการปกครองดูแลนักเรียนแพทย์ทหาร และการฝึกศึกษาที่เกี่ยวกับวิชาทางทหาร รวมถึงการวางแผนและการผสมผสานการเรียนการสอนระหว่างภาควิชาต่างๆ อีกทั้งยังดำเนินการด้านวิจัยต่างๆ และมีการร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆ ในการพัฒนาวิทยาศาสตร์ทางการแพทย์
กองการปกครอง วิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า ก่อตั้งเมื่อ ปี พ.ศ. 2518 วิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า เริ่มรับนักเรียนมัธยมศึกษาตอนปลาย จำนวน 32 นาย ที่ผ่านการสอบคัดเลือกเข้ามหาวิทยาลัยจากทบวงมหาวิทลยาลัย เข้าเป็นนักเรียนแพทย์ทหารของวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า โดยเข้าศึกษาวิชาเตรียมแพทยศาสตร์ ที่คณะวิทยาศาสตร์มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จำนวน 2 ปีก่อน ในขณะนั้น กองการปกครองยังไม่มีสำนักงานที่แน่นอน เนื่องจากวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า ยังไม่มีการสร้างหอพักนักเรียนแพทย์อยู่อาศัย สำนำงานของกองการปกครองจึงไปอาศัยอยู่กับ โรงเรียนเสนารักษ์ กรมแพทย์ทหารบก แล้วต่อมากองการปกครอง ได้ย้ายสำนักงานมาอยู่ที่ตึกอายุรกรรมธนะรัชต์ โรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้า
ปี พ.ศ. 2520 นักเรียนแพทยศาสตร์ทหารรุ่นแรกที่จบเตรียมแพทย์จากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้เข้ามาเรียนที่วิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า ทางวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้า ได้จัดหอพักให้ โดยใช้หอพักแพทย์ของโรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้า เป็นหอพักนักเรียนแพทย์ทหาร กองการปกครองจึงจัดตั้งสำนักงานขึ้นที่หอพักแพทย์นั่นเอง ต่อมาเมื่อมีการก่อสร้างหอพักนักเรียนแพทย์ทหารขึ้นโดยใช้ชื่อว่า “อาคารกองการปกครอง” ใน ปี 2525 นั้น กองการปกครองได้ย้ายมาอยู่ ณ ที่ทำการอาคารกองการปกครองซึ่งเป็นอาคาร 5 ชั้น โดยสามารถรับนักเรียนแพทย์ทหารชั้นปีละ 32 นาย (อาคารหอพักศูนย์ประวัติและนิทรรศการ)
ปี 2536 มีมติคณะรัฐมนตรี ให้ทุกสถาบันแพทย์ของรัฐผลิตแพทย์เพิ่มขึ้นจากเดิม ทางวิทยาลัยแพทยศาสตร์พระมงกุฎเกล้าจึงได้รับนโยบาย และทำการเพิ่มการผลิตแพทย์ทหารจาก 32 นาย เป็น 65 นาย และได้สร้างอาคารหอพักนักเรียนแพทย์ขึ้นใหม่ เป็นอาคาร 6 ชั้น เพื่อรองรับจำนวนนักเรียนแพทย์ทหารที่เพิ่มขึ้น (อาคารกองการปกครองในปัจจุบัน) ปี พ.ศ. 2539 กองการปกครองจึงได้ย้ายที่ทำการ มาอยู่ที่อาคารหลังใหม่จนถึงปัจจุบัน
รับผิดชอบด้านปกครองบังคับบัญชา ฝึกอบรมวิชาทหาร วินัยทหาร ลักษณะผู้นำ การพลศึกษา และกิจกรรมของนักเรียนแพทย์ทหารร่วมถึงรับผิดชอบการรับสมัครบุคคลเข้าเป็นนักเรียนแพทย์ทหาร การบรรจุเข้ารับราชการเมื่อจบการศึกษา
กปค.วพม. เป็นหน่วยกำกับดูแล นพท/นศพ.วพม. ให้มีระเบียบ วินัย มีลักษณะผู้นำ สร้างบุคลิกภาพที่ดีของนักเรียนแพทย์ทหารสร้างเสริมให้ นพท./นศพ.วพม. มีสุขภาพที่สมบูรณ์แข็งแรง อีกทั้งยังสนับสนุนด้านการศึกษาให้มีความเป็นเลิศทางด้านวิชาการ และเป็นแพทย์ทหารที่มีคุณธรรมจริยธรรม